Родился 12 августа 1949 года в Москве в семье служащих.
    После окончания средней школы в 1966 году поступил на факультет энергетического машиностроения Московского высшего технического училища имени Н. Э. Баумана, которое окончил в 1972 году по специальности инженер-механик.
    После окончания училища работал инженером на предприятии оборонной промышленности -Центральном научно-исследовательском институте автоматики и гидравлики.
    В 1975—1977 гг. Михаил Шмаков проходил службу в ракетных войсках стратегического назначения (РВСН) в Прибалтике, командир электроогневого отделения ракетного комплекса.
    С 1977 года по 20 августа 1991 года член КПСС.
    В 1977 году он вернулся в оборонную промышленность, где стал ведущим инженером. В ЦНИИ автоматики и гидравлики занимался разработкой и испытаниями ракетной техники, в том числе комплекса «Ока», участвовал в создании космической системы «Буран».
    В 1982 году окончил Высшую партийную школу МГК КПСС.

На профсоюзной работе с 1986 года.

    С 1986 по 1988 год — председатель Московского горкома профсоюза рабочих оборонной промышленности.
    В 1987 году получил второе высшее экономическое образование.
    С 1988 по 1990 год — председатель бюро ЦК профсоюза рабочих оборонной промышленности по руководству профсоюзными организациями.
    1990 год — председатель Московского городского Совета профсоюзов.
    Делегат XVIII съезда ВЦСПС, а также XIX съезда профсоюзов СССР (23-27 октября 1990 года), на котором была образована Всеобщая конфедерация профсоюзов (ВКП) СССР. Был избран членом Совета ВКП. На пленуме Совета ВКП 30 ноября 1990 года был избран председателем комиссии по законодательной инициативе и правозащитной работе.
    С 1990 по 1994 год — председатель Московской федерации профсоюзов.
    С 1993 года по настоящее время — председатель Федерации независимых профсоюзов России. Трижды (1996, 2001, 2006) переизбирался на эту должность.

Накануне думских выборов 1995 года созданное ФНПР движение «Профсоюзы России — на выборы» вело переговоры о вхождении в левоцентристский «Блок Ивана Рыбкина». 21 июля 1995 года подписал заявление группы политических деятелей во главе с Иваном Рыбкиным и Борисом Громовым о создании «Блока левоцентристской ориентации». В августе создан избирательный блок «Профсоюзы и промышленники России — Союз труда» вместе с Российской объединенной промышленной партией. Общефедеральный список блока возглавили председатель РОПП Владимир Щербаков, его заместитель Вольский и Михаил Шмаков, который упоминался в СМИ как член президиума Высшего Совета РОПП. Блок «Профсоюзы и промышленники России — Союз труда» баллотировался под N2 в списке кандидатов в депутаты Государственной Думы от блока. Блок не преодолел 5-процентного барьера, получив 1076072 голоса (1,55 %) — 15-е место из 43 участников. На 1997 — член президиума Высшего совета РОПП.

13-14 марта 1996 года III конференция движения «Профсоюзы России — на выборы» переименовала организацию в "Общественное движение «Союз труда». Вместо М.Шмакова председателем Генерального совета движения был избран Вячеслав Гончаров (в 1998 году движение СТ возглавил ближайший помощник М.Шмакова Андрей Исаев).

На президентских выборах лета 1996 года поддерживал кандидатуру Бориса Ельцина.

В декабре 1996 года на III съезде ФНПР подавляющим большинством голосов переизбран (при безальтернативном голосовании) на второй срок председателем ФНПР.

    Указом Президента РФ от 15 января 1998 года был введен в состав Объединенной комиссии по координации законодательной деятельности.
    В 1994—1999 гг. возглавлял оргкомитет международного хоккейного турнира "Кубок «Спартака».
    В 2004 г. избран президентом Всеобщей конфедерации профсоюзов.
    В 2005—2008 гг. член Общественной палаты Российской Федерации первого состава.
    С 2006 года является членом Исполнительного бюро и Генерального совета Международной конфедерации профсоюзов (МКП, International Trade Union Confederation).
    С 2007 года является президентом Всеевропейского регионального совета профсоюзов Международной конфедерации профсоюзов.
    С 1993 по 2003 год он избирался членом административного совета Международной организации труда.
    В 2005—2006 гг. избирался вице-президентом Международной конфедерации свободных профсоюзов.

Михаил Шмаков является членом президиума независимой организации «Гражданское общество», Национального Гражданского комитета по взаимодействию с правоохранительными, законодательными и судебными органами, Правления Вольного экономического общества России, президиума и совета Всемирного Русского Народного Собора.

Он является президентом Института профсоюзного движения Академии труда и социальных отношений, председателем Совета попечителей данной Академии, её почетным профессором.

Михаил Шмаков — почетный доктор Академии безопасности Российской Федерации, почетный доктор и председатель совета попечителей Санкт-Петербургского Гуманитарного университета профсоюзов.

Он автор многочисленных книг и статей по вопросам социально-трудовых отношений, социальной политики, теории и практики рабочего и профсоюзного движения: